FAQ | D3G

コンテンツについて

本データベースが提供するコンテンツは何ですか？

ヒトおよび非ヒト霊長類における、ゲノムやRNA配列、発現情報に関するデータファイルを提供します。また、そのデータに関する検索や閲覧を実現するインターフェース (主に GGGenome , UCSC Genome Browser ) へのリンクを提供します。

mRNA, pre-mRNAと表記しないのは何故ですか (spliced RNA, pre-spliced RNAとは何ですか)？

mRNA(メッセンジャーRNA)といえば、タンパク質のアミノ酸配列をコードするRNAのことを指しますが、我々の持つゲノムからはmRNAと同様にスプライシングを受け細胞の中で役割を担う非タンパク質コードRNAも転写されています。本データベースでは、mRNA・非コードRNAの双方を指すため暫定的に、mRNAでなくスプライス済RNA (spliced RNA)、pre-mRNAでなくスプライス前RNA (pre-spliced RNA)と呼んでいます。

本データベースの開発計画を教えてください

D3Gデータベースは核酸医薬の創薬に資することを目的に、国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）のゲノム創薬基盤推進研究事業のひとつとして、３年間（2017年度～2019年度）の計画で開発を進めています。開発と公開に関するロードマップはこちらをご覧ください。

データの由来、取得条件、加工手順などはどうなっていますか？

データに付随するリリースノートをご覧ください。

RNA構造に関するデータは、どんな根拠を元に構築されたものですか？

RefSeq・Gencodeにおけるexon/intron構造は、専門家が一つ一つ確認(キュレーション)したものです。CAT (Cap Associated Transcriptome)は、観測されたRNA断片情報を根拠として機械的に編纂したものです。詳細はデータに付随するリリースノートをご覧ください。

次世代シーケンサの生データを提供してもらえますか？

ヒトのデータについては、FANTOM5ウェブ・リソースやDDBJ Sequence Read Archiveから入手可能です。本プロジェクトで産出中のデータについても、本サイトあるいはDDBJから入手可能とする予定です。

マウス、アカゲザルのデータを整備する予定はありますか？

現在、予定はありません。しかし創薬、特に核酸医薬の開発に有用なコンテンツは整備されるべきと考えています。活動の基盤（予算や工数など）が整った段階で、整備計画をアナウンスしたいと思います。

細胞株のデータを整備する予定はありますか？

検索機能について

検索結果からエクソンだけに該当するものをフィルタリングする機能はありますか？

エクソン配列が収録されている「スプライス済RNA (spliced RNA) 」を対象に検索してください。

RNAのバリアントなどを1つにまとめる機能はありますか？

遺伝子座毎に縮約した「スプライス前RNA (pre-spliced RNA) 」を対象に検索してください。こちらでは、同じゲノム領域(遺伝子座)からコードされる複数のRNAを、一つのエントリとして集約しています。

機能未知RNA/遺伝子のリストはありますか？

RefSeqおよびGencodeが提供しているRNA/遺伝子には、機能情報が付随していますのでそちらを参照してください。 CATに関しては、予測に基づく機能関連情報を提供する予定です。

機能未知RNA/遺伝子について、専門家によるキュレーションを実施しないのですか？

キュレーション活動そのものを実施する予定はありません。

RNA~タンパク質相互作用に関する情報を取り込む予定はありますか？

構築されるヒトとカニクイザルの遺伝子間の配列種差の情報について簡便に比較できる機能を付加してほしいのですが？

人種差やSNPなどもオプションとして検索できるといいと思うのですが？

ヒットした配列の近隣領域に存在するSNPsについては、ゲノムブラウザで確認することができます。検索に関しては、GGGenomeの開発者と相談します。

GGGenomeの検索結果を上限なくダウンロードができる設定をつくってほしいのですが？

GGGenomeの開発者と相談します。

ヒットした配列の前後の配列を表示できる機能を提供してほしいのですが？

GGGenomeの開発者と相談します。

GGGenomeよりダウンロードした検索結果について、不一致の種類(ミスマッチ，insertion及びdeletionなど）が表示できるようにしてほしいのですが？

GGGenomeの開発者と相談します。

検索結果で抽出された遺伝子のリストを表示し，更に遺伝子情報を確認するための外部リンク機能を付加してほしいのですが？また，SNP情報なども付加してほしいと思っています.

GGGenomeの開発者と相談します。

情報保護について

本サイトの利用時にやりとりされる情報は保護されますか？

通信内容が保護される接続方法 (HTTPSプロトコル) に対応しています。

本サイトはどのような情報を収集しますか？

本テスト版では、アクセスに関する情報 (アクセス元とアクセス先、日時)を収集する場合があります。収集する情報に関しては、利用者・支援者の意見を踏まえた上で、正式版へ移行する際に見直します。

どのような目的で、収集した情報を利用しますか？

本テスト版で収集した情報は、より良いデータベースの構築と、継続的かつ安定的な運用、トラブル対応等における参考として利用します。また、アクセス元が同定できないようにした統計情報を、研究資金配分機関等への報告のために利用・公表する場合があります。

その他

データベースのヘルプ、取扱い説明書の添付、データベースの内容や機能を説明した資料はありますか？

詳細に関してはリリースノートをご覧ください。その他の資料についても準備予定です。

ダウンロードに要する時間を短縮できませんか？

本サーバーは、SINETに接続している理化学研究所ネットワークに設置されています。SINETへ接続するまでの経路で、速度低下が起きていないか確認をお願いします。

社内サーバで検索できるシステムは販売されていませんか？GAMP5のカテゴリー3の信頼性を付与したパッケージとして、供給してほしいのですが。

製薬協に議論を喚起しています。アップデートがあれば随時、案内します。

プロジェクトが終了する2020年3月以降、このデータベースはどのように維持、提供されますか？

プロジェクト終了後においてデータベースがいかに維持、提供されるべきかについて、プロジェクトメンバーやAMEDや核酸医薬学会や製薬協に議論を喚起しています。得られた見通しは随時、案内します。

上記に書いていない問い合わせや改善案などの意見はどこに送ればよいですか？

こちら d3g[at]ml.riken.jp へお問い合わせください。